U trećem kolu kvalifikacija naći će se Sarajevo i Zrinjski, a da bi se plasirali u play-off morat će proći Budućnost iz Podgorice, odnosno Apoel iz Nikozije.
Sarajevo i Zrinjski bit će u odvojenom ždrijebu, aktualni prvak će biti u 'stazi prvaka', dok će Zrinjski biti u glavnom ždrijebu. U stazi prvaka bit će 10 pobjednika trećeg kola te šest poraženih ekipa iz trećeg kola kvalifikacija Lige prvaka.
U glavnom ždrijebu bit će 26 pobjednika trećeg kola.
Ždrijeb je u petak u 14 sati, a utakmice play-offa 1. listopada.
