Njegov odnos prema tom hercegovačkom svetištu obilježen je brojnim simboličnim i konkretnim gestama, uključujući imenovanja apostolskih vizitatora, podršku pobožnostima te najnoviju vatikansku odluku o duhovnim plodovima i potpunom oprostu.
Još kao nadbiskup Buenos Airesa, kardinal Jorge Mario Bergoglio pratio je događanja u Međugorju, a kao papa dao je važan doprinos u prihvaćanju pastoralne stvarnosti toga mjesta. Godine 2017. imenovao je mons.
Henryka Hosera posebnim izaslanikom Svete Stolice, a već 2018. i apostolskim vizitatorom za župu Međugorje. Time je započeo proces institucionalnog priznanja Međugorja kao važne točke katoličke duhovnosti.
U svibnju 2019. godine, papa Franjo službeno je dopustio organizirana crkvena hodočašća u Međugorje, što je objavljeno na misi u samom svetištu, a izrekli su je mons. Luigi Pezzuto i mons. Hoser. Ova odluka označila je prekretnicu, hodočašća više nisu bila u isključivo privatnom aranžmanu.
Međugorje je sudjelovalo i u molitvenim inicijativama Vatikana, poput svibanjskog molitvenog maratona 2021. za kraj pandemije. Krunicu je tada u Međugorju predvodio tadašnji apostolski nuncij mons. Pezzuto, uz asistenciju franjevačkih novaka i župljana.
Nakon smrti nadbiskupa Hosera 2021., papa Franjo imenovao je mons. Aldu Cavallija novim apostolskim vizitatorom s posebnom ulogom za Međugorje. Cavalli je u veljači 2022. stigao u župu i odmah započeo s aktivnim pastoralnim djelovanjem.
Jedna od najznačajnijih odluka tijekom pontifikata pape Franje u vezi s Međugorjem bila je objava Dekreta o potpunom oprostu, kojim vjernici za vrijeme Jubileja 2025. mogu zadobiti oprost hodočasteći u župu sv. Jakova u Međugorju.
Konačno, 19. rujna 2024. Dikasterij za nauk vjere objavio je Notu Kraljica Mira, kojom Vatikan Međugorju daje status nihil obstat. Premda se Nota ne izjašnjava o nadnaravnosti ukazanja, ona potvrđuje "obilne duhovne plodove" i daje pozitivno mišljenje o porukama koje vjernici primaju u tom svetištu.
Apostolski vizitator Cavalli kazao je kako je papa Franjo svojim odlukama učinio Međugorje "međunarodnim središtem duhovnosti" i simbolično poručio vjernicima: "Idite, idite, idite u Međugorje."
U listopadu 2022. održan je i nacionalni mariološko-marijanski kongres u Međugorju, gdje su znanstveni radovi dodatno istaknuli važnost toga mjesta u novoj evangelizaciji. Cavalli je tom prilikom istaknuo da je "veličina ovoga mjesta milost koja dolazi od Duha Svetoga", prenosi Radio Međugorje.
